Budynek obecnego kościoła św. Jakuba Apostoła w Tucholi został pobudowany z inicjatywy tucholskiej Gminy Ewangelickiej w latach 1837-38, zaś wieżę do budynku właściwego dobudowano w roku 1895. Świątynia służyła Ewangelikom do roku 1945. Po wojnie została zajęta jako tzw. Mienie opuszczone przez Skarb Państwa wraz z usytuowaną naprzeciw świątyni „pastorówką”.

Budynek kościoła służył jako sala sportowa, a w roku 1968 przekazano go w użytkowanie Gminnej Spółdzielni „Samopomoc Chłopska” w Tucholi, która zaadoptowała obiekt czyniąc ze świątyni – magazyn zbożowy. Dokonano wówczas przez prace remontowe zatarcia cech sakralnych świątyni rozbierając do fundamentów wieżę, zamurowując charakterystyczne neogotyckie łuki okien i instalując w nich kraty oraz demontując balustrady chóru i balkonów. Zamurowano również główne drzwi wejściowe, na ich miejscu umieszczając lej do wsypu zboża, a pod bocznym wejściem zbudowano rampę przeładunkową, zaś całą nawę kościoła podzielono betonowym stropem na dwie kondygnacje. W dniu 1 lipca 1994 r. z tucholskiej parafii p.w. Bożego Ciała zostaje erygowana nowa parafia, która na pamiątkę istniejącego tylko do XVII wieku tucholskiego kościoła św. Jakuba Apostoła otrzymuje patronat tegoż Świętego. Jeszcze w tym samym roku pierwszy proboszcz nowo powstałej parafii ks. Jan Pałubicki wykupił od Skarbu Państwa budynek dawnego kościoła, by wraz z parafianami w krótkim czasie przywrócić obiektowi cechy sakralne. Rozebrano zatem strop dzielący świątynie na poziomy, odbudowano więźbę chóru i balkonów, zamontowano balustrady i ławki, wydzielono i wybudowano podwyższenie prezbiterium, utworzono zakrystię, wymieniono okna oraz od fundamentów zrekonstruowano okazałą kościelną wieżę umieszczając na niej dzwony, które 6 czerwca 1999 roku poświęcił przebywający w Pelplinie Ojciec Święty Jan Paweł II. Dzwony ważą łącznie 1000kg i noszą imiona: największy – Jakub, średni – Jan i najmniejszy – Kazimierz. W czerwcu 2002 roku na dzwonnicy umieszczono także mechanizm zegarowy z trzema tarczami, wybijający kwadranse i godziny.

Na miejscu dawnego kościoła św. Jakuba (przy ul. Lipowej) stoi obecnie postument z figurą tego patrona. Jest ona repliką Jakubowej figury znajdującej się w świątyni parafialnej przy ul. Chojnickiej 28. Do charakterystycznego wyposażenia kościoła należą także pochodzące z 1913 roku obrazy – stacje Drogi Krzyżowej. Nie wiadomo czyjego są autorstwa -prawdopodobne jest tylko to, że były namalowane dla kościoła w Łęgu, potem przekazane do Rytla, a następnie do Legbąda, gdzie uznano, że kalwaryjskie malowidła nie pasują do nowoczesnej bryły sakralnej budowli – przez co stacje Drogi Krzyżowej ostatecznie przekazano w 1995 roku do tucholskiej świątyni. Innym interesującym malowidłem jest umieszczony w prezbiterium obraz E. Barthela z Zittau „Chodzenie po morzu”. Jest to jedyny zachowany eksponat, który przed 1945 rokiem stanowił centralny element ołtarza, kiedy świątynia służyła Ewangelikom.



Obraz powrócił do Tucholi w 1996 roku z poewangelickiego kościoła w Kęsowie, do którego został wywieziony zaraz po wojnie. Ze względu na ogrom zniszczeń, w tym wielkich rozdarć na płótnie, obraz był poddany renowacji w jednej z gdańskich firm konserwatorskich. W 2003 roku obraz otrzymał nowe stylizowane ramy przypominające pierwotne. Staraniem Ks. Proboszcza i ofiarnych wiernych w 2005 r. zmieniono pokrycie dachowe z blachy na dachówkę ceramiczną „karpiówkę”. W następnych latach w prezbiterium i całym kościele położono posadzki z granitu, zamontowano 14 witraży, dokonano wymiany tynków zewnętrznych kościoła oraz podświetlono bryłę budynku i wieży. Wyłożono posadzki wieży, jak też dwustronne schody płytami granitowymi, zamontowano balustrady przy schodach w wieży; wykonano również podjazd dla niepełnosprawnych. Ponadto wykonano nawierzchnię parkingu oraz zagospodarowano plac przykościelny, założono trawniki i posadzono zieleń.